Setiap hari ba’da shalat Subuh, di Masjid Jabal Arafah diadakan kegiatan pengajian yang diberi nama “BENGKEL AL QUR’AN”. Pesertanya, siapa saja yang memang memiliki waktu dan bersedia meluangkan waktunya untuk shalat Subuh berjamaah, kemudian mengikuti pengajian itu, yang dipandu oleh Ust.H.Zainuddin Adnan. Lamanya sekitar dua puluh menit.
Apabila waktu shalat Subuh itu misalnya pukul 04.50, maka jamaah yang berkendaraan sepeda motor atau mobil, yang tinggal di radius 15 kilometer pun, dapat hadir dengan berangkat santai pukul 04.30 WIB, misalnya. Radius itu kira-kira menjangkau daerah Tiban sampai Sekupang, daerah Batam Centre sampai simpang Kabil/ Muka Kuning. Tentu saja untuk daerah Baloi, Batu Ampar, Batu Merah, Sei Panas, Bengkong, lebih dekat lagi ke MAsjid Jabal Arafah.
Selain Bengkel Al Qur’an, masih ada pengajian lain. Misalnya ada pengajian setiap hari Kamis pukul 08.30 sampai 11.00 WIB, yaitu Majelis Zikir Bismillah. Pengajian Ini sudah berlangsung dari tahun 2013, dihadiri rata-rata lebih 500 orang yang berasal dari hampir semua daerah di Batam, bahkan ada perwakilan majelis taklim yang ada di pulau-pulau sekitar Batam, dari Singapura Dan Malaysia pun kerap hadir. Majelis ini dipandu Ust.H. Asep Rabbany.